1907年初，中国同盟会的领导人、革命先行者孙中山和黄兴（又名黄克强）等先后抵达河内策划镇南关（今友谊关）武装起义。活动在镇南关至那模一带的游击首领黄明堂的几百名游勇接受孙中山指挥，成为凭祥地区一支反清骨干队伍。孙中山派同盟会员、著名的会党首领袖王和顺、游击首领黄明堂、滇南会党首领关仁甫等到镇南关、隘口、凭祥一带活动，与原已和革命党有联系的凭祥土司李佑卿商量进攻镇南关的计划。清廷左江镇总兵兼荣字营统领陆荣廷在凭祥设统领部，帮统陈炳昆驻在镇南关附近的隘口，为争取陆荣廷倒戈反清，同盟会派人与陈炳昆以及驻守镇南关大本营帮统黄福廷联系，策动反正。又派梁兰泉、梁亚珠、李佑卿到镇南关右辅镇南、镇中、镇北炮台与陈炳昆所部两哨官兵联系。孙中山委派黄明堂为镇南关都督，负责镇南关起义的军事，冯祥为中华民国军镇南军司令，任李佑卿为副手，何伍为支队长。孙中山用华侨捐助的军费买了支驳壳枪，配给黄明堂、何伍等部使用，并建立一支手枪兵小队，由黄明堂指挥。起义前几个月孙中山曾派邓睿臣、何凯荣等到凭祥发动群众，多名青年参加推翻清朝统治的起义。
1907年12月1日深夜同盟会会员黄明堂、关仁甫、何伍、李佑卿等奉命率领革命军100多人，携带快枪42杆，身佩短枪、马刀及鞭炮、大绳等，星夜抄小路从越南同登、那模赶到镇南关附近的弄怀、弄尧，在镇南关附近的各山冲里埋伏，潜袭镇南关。黄明堂与守炮台的清军取得联系，约定2日由山背间缒绳直入，直取第三炮台。起义军披蒙茸，拨钩藤，跨越断涧危崖，呐喊而入。12月2日黎明，革命军沿着山背小道偷偷袭击右辅山顶炮台，守兵百余人略事抵抗，即相率投降。右辅山二炮台，海拔590米，四面陡壁，居高临下，形势雄伟。革命军首先翻墙攻入镇北炮台，守炮台的官兵立即响应起义，革命军顺利地占领了镇北炮台，接着分兵进攻镇中台和镇南台。守炮台的清兵有的响应起义，有的落荒而逃。下午2时，3座炮台全部被革命军所占领。
革命军占领炮台的消息传出后，农民群众和散兵游勇纷纷前来投靠革命军，革命队伍迅速发展到四五百人。孙中山在河内得知革命军成功占领3炮台的消息后，便于12月3日晚9时，带领黄兴、胡汉民、胡毅生、卢仲琳、张翼枢和日本人池亨吉、法国退职炮兵上尉男爵犹氏等10人，由河内搭乘火车北上抵达镇南关，当晚点着火把登上右辅山，到达镇南关北炮台，到镇南关右辅山炮台犒赏起义部队，黄明堂列队鼓乐欢迎，全军深受鼓舞。
革命军占领右辅山炮台后，由何伍守镇南炮台，李佑卿守镇中炮台，黄明堂守镇北炮台，孙中山、黄兴等在镇北炮台指挥。次日，清军开到，发起攻击，孙中山在阵地为伤员包扎，并亲手发炮，竟打得很准。孙中山亲自开炮轰击敌人，为伤员包扎伤口，使义军深受鼓舞。他在金鸡山炮台亲自点炮时激奋地说：“反对清政府二十余年，此日始得亲自发炮击清军耳！”当日下午，陆荣廷派一樵妇持函登台，表示愿率600余人投入孙中山麾下，并告以清军大兵来援，事急万分，祈自重。
镇南关右辅山区炮台被革命军占领，清政府极为惊恐，急电广西巡抚张鸣岐、边防督办龙济光、统领陆荣廷等，限一星期内夺回右辅山炮台，否则革职解京办罪。龙济光、陆荣廷连忙督率清兵20多个营堵截龙州、宁明、凭祥等地，加紧围攻右辅山炮台。12月4日，各处清军向镇南关开进。驻凭祥统领陆荣廷、驻隘口帮统陈炳昆、镇南关大本营黄福廷和驻大连城管带曾绍辉等率清军齐向镇南关包围右辅山炮台。镇南关附近的摩沙、卡凤、渠力等各村山头都被清军占领。陆荣廷又在凤尾山、大青山、小青山、马鞍山等处架起大炮，向右辅山3炮台轰击并亲自督战，命黄福廷督队打前阵，陈炳昆打后闸。革命军向清军奋力还击，击毁左辅山炮台一角。法武官男爵犹氏亲自发炮，向清军营垒轰击，清营起火，清兵死伤60余人。黄福廷向右辅山连攻数日，未攻下，大腿负重伤，士兵也死了不少。曾绍辉包抄炮台后路，抢占了革命军据守的弄尧屯。陈炳昆听说孙中山和黄兴都在炮台督战，也不敢轻举妄动，只固守阵地等待增援。陆荣廷加紧调兵遣将，向镇南关增加兵力。由于清军大量增兵，加上革命军武器弹药缺少，补充困难，后援跟不上，形势十分危急。为了解决军需问题，孙中山、黄兴等人决定赶回河内筹款购买。
孙中山离开镇南关后，清军进行反扑。12月6、7日，龙济光、陆荣廷数千人马开赴前线。龙济光率所部3个营，陆荣廷率荣军3个营会同陈炳昆、曾绍辉等部共5000人兵分4路从青山炮台、南关闸、摩沙、南关左弼山和四方岭及尖山等处，包围炮台上的起义军。7日，军机处将失去镇南关的张鸣岐“交部议处”，又命他戴罪立功“即日克复”。当夜，陆荣廷向镇北炮台猛扑，黄明堂坚持数日，枪弹告罄，留守炮台的100多名革命军战士击退了清军的多次进攻。经过7昼夜的激烈血战，终因众寡悬殊，弹尽粮绝，被迫撤退。为保存革命力量，于12月8日凌晨从镇南关炮台拆一缺口，抄小路退至越南境内的燕子大山。此次战斗历时9天，清军毙命200余人，伤者不计其数。孙中山从越南运送的枪弹在文登即被法方扣留。镇南关起义遂告失败。
1908年2月，镇南关起义党人黄明堂、李福南等到河内向孙中山报告起义经过，孙中山勉励他们说：“此次起义，我们以少数同志占领了三炮台，显示了我们革命军人的大无畏精神。此次起义已震撼了满清王朝，中国专制政体不久一定会被我们革命党推翻。”镇南关起义后，孙中山被迫离开越南。在“离河内之际，一面令黄克强筹备再入钦廉，以图集合该地同志；一面令黄明堂窥取河口，以图进取云南，以为吾党根据之地。”反清武装起义虽然失败了，但点燃了“倾覆满清，建立民国”的火把，沉重打击了腐朽、没落的清政府的统治，鼓舞了各族人民的反清革命斗争。